Durch den Ankauf von landwirtschaftlich genutzten Flächen und anschließender Verpachtung mit Auflagen zum Arten-, Biotop- und Moorschutz hat der Donaumoos-Zweckverband mit Unterstützung des Bayerischen Naturschutzfonds bereits 460 Hektar extensiviert. Jährlich kommen weitere Flächen hinzu.
Die Flächen des Zweckverbands, die im Wesentlichen nach den Richtlinien des Bayerischen Vertragsnaturschutzprogramms bewirtschaftet werden, dienen zahlreichen Wildtieren, Wiesenbrütern, Amphibien und Insekten als Lebensraum.
Mit Blick auf den Moorschutz sind extensiv genutzte Flächen geeignet für höhere Grundwasserstände. Erosion durch Wind und Wasser ist auf solchen Flächen kaum gegeben. Darüber hinaus ist jegliche Düngung auf diesen Flächen untersagt, wodurch die Torfmineralisation nicht zusätzlich beschleunigt wird.