Bis 1790 war das Donaumoos ein weitgehend unzugänglicher Sumpf mit einer naturräumlichen Ausdehnung von rund 180 km². Ab 1790 wurde das Donaumoos unter der Regentschaft des Kurfürsten Karl-Theodors systematisch durch die Anlage von 473 Kilometern Gräben entwässert und mit der Besiedlung und der landwirtschaftlichen Nutzung begonnen. Entlang der schnurgerade angelegten Entwässerungsgräben entstanden die hier typischen Straßendörfer.  Heute leben im Donaumoos rund 15.000 Menschen.

Historisches Dokument von 1876 zur "Verbesserung der Zustände im Donaumoose"

Durch das Eindringen von Luftsauerstoff in den Torfkörper erfolgt ein sogenannter oxidativer Torfverzehr. Jährlich ist dadurch ein Verlust von einem bis zwei Zentimetern Torfboden zu verzeichnen. Problematisch ist dabei, dass enorme Mengen an klimawirksamen Gasen freigesetzt werden. Für das Donaumoos bestehen Berechnungen mit rund 400.000 Tonnen CO2-Äquivalenten pro Jahr, die durch diese Prozesse freigesetzt werden. Bis in das 20. Jahrhundert hinein wurde zudem flächendeckend Torf gestochen und als Brennstoff verwendet. Durch diese Gegebenheiten sind seit Beginn der Kultivierung des Donaumooses etwa drei Meter Moorauflage und rund ein Drittel der ursprünglichen Moorfläche verloren gegangen. 

Als Folge des Torfschwunds und der Sackungsprozesse müssen die Entwässerungsgräben regelmäßig entsprechend des Torfschwundes angepasst und eingetieft werden. Zwischen dem nördlichen Rand des Niedermoores und der Donau ist dieser Eintiefung durch natürliche Gegebenheiten und der Verantwortung gegenüber den Unterliegern jedoch eine Grenze gesetzt.  Damit wird das Gefälle der Gräben im Moos stetig geringer und der Ablauf des Wassers aus dem Donaumoos erfolgt immer langsamer.