Im Jahr 2001 entstand der Rückhalteraum Seeanger im Gebiet der Marktgemeinde Pöttmes. Auf einer Fläche von rund 17 Hektar können hier bis zu 130.000 Kubikmeter Wasser der Donaumoos-Ach zurückgehalten werden. 

Sobald der Abfluss der Ach einen bestimmten Schwellenwert erreicht, fließt Wasser über eine Flutmulde in den Rückhalteraum und nur eine begrenzte Wassermenge wird wieder zurück in die Ach geleitet. Bereits bei einem Abflussvolumen von 2,1 m³/s in der Ach fließt Wasser in den Rückhalteraum. Dies entspricht in etwa einem jährlichen Hochwasserereignis. Bei einem etwa hundertjährlichen Hochwassererreignis (Abfluss an der Ach von circa 11 m³/s) ist der Rückhalteraum bis zur Notentlastung gefüllt. 

Zum Schutz des Moorkörpers und zur Schaffung eines Feuchtbiotops wird zudem über einen Bypass kontinuierlich eine definierte Wassermenge aus der Donaumoos-Ach entnommen und in das Rückhaltebecken eingeleitet. Daneben sind in den Entwässerungsgräben, die in das Rückhaltebecken führen, Steinschüttungen zur Anhebung des Wasserstands eingebracht.

Der Rückhalteraum wird derzeit mit Galloway-Rindern beweidet.

Bei Hollenbach wurde im Jahre 2006 der Rückhalteraum „BF 2" am Baierner Fleckengraben verwirklicht. Dieser hat bei einer Ausdehnung von rund 40 Hektar ein Fassungsvermögen von bis zu 300.000 Kubikmetern. 

Durch die Einleitung eines Entwässerungsgrabens in den Rückhalteraum werden Teilbereiche dauerhaft vernässt. Neben dem Schutz des Moorkörpers wird in dem großflächigen Feuchtbiotop hierdurch die Ansiedelung niedermoortypischer Pflanzen- und Tiergesellschaften ermöglicht.

Die Flächen des Rückhalteraumes werden im Sommerhalbjahr mit Murnau-Werdenfelser-Rindern beweidet.

2009 ist der Hochwasserrückhalteraum "Sandizell" nördlich des Ortes Sandizell fertiggestellt worden. Im zehnjährlichen Hochwasserfall werden hier rund 100.000 Kubikmeter Wasser aus dem Einzugsgebiet des Sandizeller Baches zurückgehalten.  In diesem Bereich wurden die beiden Rückhalteräume "SZ1" und "SZ2" aus dem Entwicklungskonzept in einem Rückhalteraum zusammengefasst.

Auf den rund 20 Hektar Grünlandflächen des Rückhalteraumes weiden ganzjährig "Auerochsen" (=Heckrinder) der Familie Stohl aus Langenmosen (www.auerochsen-im-donaumoos.de).

Der Hochwasserrückhalteraum "KA 1" bei Karlskron ist im Jahr 2011 errichtet worden. Er fasst ein Volumen von 36.000 Kubikmetern.

Der 6,5 Hektar große Rückhalteraum am Schreinergraben südlich der Karlskroner Kerngemeinde wird im Sommerhalbjahr mit Schafen beweidet und dient mit seinen Biotopstrukturen zahlreichen Vogelarten als Brut- und Nahrungshabitat.

Im Zuge des Flurneuordnungsverfahrens "Pobenhausen II" konnte der Donaumoos-Zweckverband ein Grundstück am Hauptkanal bei Hohenried erwerben. Hier wurden auf zwei Hektar rund 10.000 Kubikmeter an Abgrabungen vorgenommen, die der Hochwasserretention dienen und zugleich ein wertvolles Feuchtbiotop entstehen ließen. Im Gegensatz zu den anderen Rückhalteräumen handelt es sich hier um einen natürlichen Hochwasserrückhalt, also ohne Ausleitungsbauwerke und Dämme.

In Karlshuld wird derzeit der Rückhalteraum "KH1" mit einem Volumen von über 200.000 Kubikmetern auf einer Fläche von rund 13 Hektar durch Kiesabbau umgesetzt. Der Kartenausschnitt zeigt die Planung des zu realiserenden Rückhaltebeckens nach Abschluss des Bauvorhabens. Die Ach grenzt hier südlich an und wird das Becken ab einem 10jährlichen Hochwasserereignis füllen.

Eine Erweiterung der Rückhaltefläche nach Osten ist mit dortigen neuen Kiesabbauflächen in Planung.